Michael Prouza je od roku 2017 ředitelem Fyzikálního ústavu Akademie věd ČR, kde působí již od roku 2000. Zabývá se astročásticovou fyzikou a astronomií, zejména výzkumem extrémně energetických kosmických částic, kalibrací detektorů a detekcí gravitačních vln.
Je členem mezinárodních vědeckých kolaborací, jako jsou Pierre Auger Observatory, Cherenkov Telescope Array nebo Vera Rubin Observatory. Podílí se také na přípravě družice LISA. Přednáší na univerzitách, vede studenty a věnuje se popularizaci vědy, mimo jiné ve Společnosti Astropis.