Zabývá se otázkou, kterou si většina z nás nikdy nepoloží: kam bezpečně uložit vyhořelé jaderné palivo tak, aby neohrozilo životní prostředí ani za milion let. Markéta Dohnálková se této výzvě věnuje téměř 20 let. V České republice vede vývoj hlubinného úložiště – od návrhu jeho technického řešení a inženýrských bariér až po současné vedení procesu výběru lokality pro jeho umístění.
Ve své práci propojuje geologii, stavební inženýrství a bezpečnostní hodnocení s realitou rozhodování v dnešní společnosti. Pohybuje se na pomezí vědy, techniky a společnosti – mezi daty z hloubek stovek metrů i rozhovory s lidmi, kterých se toto rozhodnutí bezprostředně dotýká. Protože takto dlouhodobé řešení není jen technická otázka, ale i otázka důvěry.
V letech 2025–2026 působí jako předsedkyně mezinárodní technologické platformy IGD-TP (Implementing Geological Disposal of Radioactive Waste Technology Platform), která sdružuje organizace odpovědné za ukládání radioaktivních odpadů napříč Evropou a podporuje sdílení zkušeností i společný vývoj řešení.